Entre 4 e 7 de outubro, ocorreu o 5º Congresso do SINTUPERJ, com a participação de 109 delegados representando os cerca de 6 mil trabalhadores da Universidade Estadual do Rio de Janeiro (Uerj) e da Universidade Estadual do Norte Fluminense (Uenf). O Congresso foi marcado por intensos debates sobre a situação nacional, internacional, a luta contra as reformas do governo Lula, a política do governo Rosinha e a intransigência da reitoria da UERJ, que tenta impôr um Plano de Cargos à revelia da categoria. Porém, sem dúvida alguma o ponto alto dos debates foi a discussão sobre a relação com a CUT e a Conlutas. Nessa questão não houve vacilação, o congresso, por ampla maioria (somente 6 votos contrários), aprovou a desfiliação do SINTUPERJ da CUT e a participação na Conlutas e a ida ao Congresso convocado por esta, a ser realizado no final de abril de 2006.
A desfiliação do SINTUPERJ da CUT e a participação na Conlutas são conseqüências da experiência ocorrida na prática, em especial, na greve de nove meses dos técnicos-administrativos da Uerj e de cinco meses da Uenf. Durante os 9 meses da greve na Uerj, a única manifestação da CUT foi a de procurar o sindicato para cobrar as mensalidades em atraso, enquanto os servidores lutavam arduamente contra a intransigência do governo do Estado e da reitoria em atender suas reivindicações de reajuste salarial, PCC e mais verbas para a Universidade.
Além de todos esses debates, o congresso contou com a presença de representantes de diversas entidades tais como o ANDES-SN, o Sindjustiça, a APFAETEC, etc, que manifestaram sua solidariedade com a luta dos companheiros do SINTUPERJ. Ao final foi realizada uma festa de confraternização com a apresentação do grupo “Cambada Mineira” para comemorar a vitória que representou esse Congresso.